耳が痛くなるのは中耳腔と外耳道を隔てている鼓膜の両側の空気の圧力に差があるために起こります。
物を飲み込んだり(嚥下)とか飴をなめるとかあくびをすることで、鼻から耳管を介して中耳腔側から鼓膜への圧力と外耳道からの鼓膜への圧力を同じにすることにより痛みなどが改善します。
しかし、耳管機能や乳突洞の発育に問題がある場合はつばを飲み込むなどの操作で改善しにくいです。
また鼻汁がたくさん出て鼻詰まりがあるときにつばを飲み込んだりすることでかえって中耳炎を引き起こすことがあります。
鼻詰まり、鼻かぜ、花粉症、副鼻腔炎を患っているときは、飛行機の乗ることを控えることか、耳鼻科受診し鼻の通りをよくしてもらうようにすることをお勧めします。